Mata pelajaran kompetensi keahlian Nautika Kapal Niaga meliputi mata pelajaran menjangka peta, dasar-dasar tenaga penggerak kapal, pelayaran datar, alat-alat navigasi, alat navigasi elektronik, olah gerak kapal, bangunan dan stabilitas kapal, hukum laut dan hukum perkapalan, perlengkapan kapal dan tali temali, keselamatan kerja di atas kapal, meteorologi dan astronomi. Lulusan kompetensi keahlian ini dipersiapkan untuk mengisi lapangan kerja di sektor pelayaran dan perkapalan khususnya kapal-kapal niaga baik dalam negeri maupun kapal-kapal asing.